Każdy shinobi może przejść do organizacji, lecz musi być bardzo dobry inaczej Lider odrzuci kandydaturę shinobi na członka organizacji.

Liczba organizacji:3
Anbu:10 (2 na wioskę)
Akatsuki:9
Hebi:4

Bonus: Każdy członek organizacji ma chakrę podniesioną o 2000 oraz punkty statystyk o 2.
Dodatkowo Shinobi może nauczyć się jutsu organizacyjnych.

Akatsuki mają pierścienie:
Prawy kciuk: Rei (zero), nosił go Pein
Prawy wskazujący: Seiryuu (smok), nosił go Deidara
Prawy środkowy: Byakko (tygrys), nosił go Konan
Prawy serdeczny: Suzaku (feniks), nosił go Itachi
Prawy mały palec: Genbu (żółw), nosił go Zetsu
Lewy mały palec: Kuchin (pustka), nosił go Orochimaru
Lewy serdeczny: Nanju (strzelec), nosił go Kisame
Lewy środkowy: Hokuto (Gwiazda Polarna), nosił go Kakuzu
Lewy wskazujący: Santai (trzy poziomy), nosił go Hidan
Lewy kciuk: Gyokunyo (Panna), nosił go wpierw Sasori, obecnie nosi go Tobi.

Cele organizacji :
Akatsuki:
-schwytanie 9 demonów,
Hebi
-Zniszczenie wiosek Liścia i Piasku,
Anbu
-Obrona wiosek przed przeciwnikami,
-Pokonanie liderów Hebi i Akatsuki oraz wszystkich Nukenin'ów